國立屏東科技大學的通識教育中心設有完善的組織架構，負責全校基礎與通識課程的規劃與教學。在課程架構上，通識課程分為「人文科學」、「社會科學」、「自然與生命科學」及「數理與應用科學」四大領域教學小組，以及「通識教育講座」。為了讓學生能跨域且多元學習，學校針對不同學院設計了免修所屬領域一門課程的彈性機制，例如工學院免修數理與應用科學、農學院及獸醫學院免修自然與生命科學等，藉此鼓勵學生廣泛涉獵不同領域的知識。