國立屏東科技大學的通識教育中心設有完善的組織架構，負責全校基礎與通識課程的規劃與教學。在課程架構上，通識課程分為「人文科學」、「社會科學」、「自然與生命科學」及「數理與應用科學」四大領域教學小組，以及「通識教育講座」。為了讓學生能跨域且多元學習，學校針對不同學院設計了免修所屬領域一門課程的彈性機制，例如工學院免修數理與應用科學、農學院及獸醫學院免修自然與生命科學等，藉此鼓勵學生廣泛涉獵不同領域的知識。

為確保通識教育的教學品質，學校建立制度完整的改善與品保機制。學校的通識教育委員會與通識課程委員會每學期定期召開會議，並邀請校外業界專家、校外通識教授及校內學生委員共同參與，串聯各方理念以嚴格把關課程。此外，中心積極推動學術交流，不僅鼓勵通識教師參加《通識學刊：理念與實務》的編輯團隊，更預計於2026年與國內多所大專校院共同主辦「臺灣通識教育研討會」，探討永續和平、氣候變遷、人工智慧與教學實踐等當代關鍵議題。

學校通識教育中心打造跨域學習環境，開設「跨領域知識共創」通識課程，由具備政治學與永續科學、文學及哲學背景的三位教師共同授課，引導學生自主學習。學校也將當代趨勢融入通識教育，除了開設「AI與經濟」、「AI與財務」等創新課程，更舉辦「AI創意生成競賽」，吸引百位高中與大學生參與，激發學生的跨領域思維。同時，學校亦規劃多元的「通識教育講座」，邀請奧運金牌教練、企業創辦人等各界專家，為學生打開「跨領域的視野」。學校將USR融入通識課程中，例如「國際組織」通識課程帶領學生與東港溪保育協會合作，榮獲「2022永續教學實踐與成果競賽」第一名；而「華人飲食文化」通識課程則帶領學生深入赤山社區，獲得2025年「地方創生見習行動成果展」第一名的殊榮。